A partir del año 1998, se inició el proceso de transformación de ESEADE en un Instituto Universitario, de acuerdo a los requerimientos del Ministerio de Cultura y Educación de la Nación y al proceso por el que debían pasar todas las instituciones no universitarias que ofrecían cursos de maestrías u otros posgrados. El proceso culminó con la aprobación de la institución mediante el decreto Nº 238/99 del Poder Ejecutivo Nacional con fecha 17 de marzo de 1999. La institución fue autorizada a ofrecer cursos de especialización, maestría y doctorado. Actuó como primer Rector del Instituto Universitario Alberto Benegas Lynch (h). En el año 2007, la institución fue autorizada a ofrecer carreras de grado a través de las Licenciaturas en Administración, Licenciatura en Ciencias Sociales con orientación en Sociología y en Periodismo, Licenciatura en Curaduría y Gestión de Arte y Licenciatura en Publicidad.
Luego de estos primeros 40 años de vida, ESEADE continúa promoviendo su misión y visión institucional que es la de difundir la enseñanza e investigación de las ciencias económicas, la administración, las ciencias sociales y las humanidades desde una perspectiva interdisciplinaria centrada en las temáticas de la libertad, la justicia y la creatividad personal; buscando perpetuarse como una institución de excelencia académica, tanto por sus profesores, alumnos y graduados, como por sus programas educativos, sus investigaciones y publicaciones.
