La estructura organizativa de ESEADE está definida por su Estatuto. La dirección académica es ejercida por el Consejo Académico, presidido por el Rector. La organización interna es de tipo Departamental. El Rector es acompañado en sus funciones por el Vicerrector, el Secretario Académico, el Secretario de Investigaciones y el Secretario de Extensión y Promoción. A su vez, la División de Administración ofrece el soporte general para todas las actividades realizadas en la Casa de Estudios.